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小學(xué)教師教研工作總結(jié)張富

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小學(xué)教師教研工作總結(jié)張富

小學(xué)教師教研工作總結(jié)

一期來(lái),我兢兢業(yè)業(yè),踏踏實(shí)實(shí),根據(jù)期初的教學(xué)工作計(jì)劃,以新課程改革為契機(jī),以新課程標(biāo)準(zhǔn)的基本理念為指導(dǎo),轉(zhuǎn)變教學(xué)觀念,有目的,有計(jì)劃,有步驟地進(jìn)行課程改革。本著科研先導(dǎo),以研促教,教為學(xué)服務(wù)的研究宗旨,堅(jiān)持不懈地抓住新課程改革這一契機(jī),有條不紊的開(kāi)展各項(xiàng)教學(xué)教研活動(dòng),順利地完成了本學(xué)期的教育教研任務(wù),實(shí)現(xiàn)了學(xué)期初制定的教學(xué)目標(biāo)。為了更好地完成今后教育教研工作,使教學(xué)工作做到有的放矢,特對(duì)本學(xué)期的教研工作總結(jié)如下:

一、制訂切實(shí)可行的教研計(jì)劃

為了做好本期的教研工作,有的放矢,我們開(kāi)學(xué)伊始,計(jì)劃先行。我根據(jù)教育教學(xué)現(xiàn)狀,認(rèn)認(rèn)真真地權(quán)衡利弊,制訂出切實(shí)可行的教研計(jì)劃。二、狠抓有效課堂教學(xué)

根據(jù)縣教研室的要求和我班的教育教學(xué)現(xiàn)狀,采取有效措施狠抓有效課堂教學(xué)。領(lǐng)會(huì)新大綱和新課程標(biāo)準(zhǔn)的精神實(shí)質(zhì)把握教材的特點(diǎn),制定出切實(shí)可行的教學(xué)工作計(jì)劃。做到集體備課與獨(dú)立備課相結(jié)合,高標(biāo)準(zhǔn)地完成單元備課和課時(shí)備課,及時(shí)對(duì)全冊(cè)教材進(jìn)行集體教研和教學(xué)方法的探討,明確教學(xué)思路。積極參加各種教研活動(dòng),觀摩學(xué)習(xí),及時(shí)進(jìn)行了教研探討,并把學(xué)習(xí)到的教育新理念運(yùn)用到自身的教學(xué)活動(dòng)中,做到本;ヂ(tīng)、校際交流、外出觀摩,做到聽(tīng)課不少于20節(jié)。三開(kāi)展活動(dòng)促教學(xué)

為了全面提高素質(zhì)教育,讓教師和學(xué)生都有所發(fā)展,我積極參加各種教研活動(dòng)。本期參加的教育教研活動(dòng)主要有:校際教研交流活動(dòng)、電化教學(xué)公開(kāi)課、作文改革公開(kāi)課、復(fù)習(xí)研討課、語(yǔ)文青年教師比武課、有效課堂送下村、還舉行了三年級(jí)學(xué)生語(yǔ)文知識(shí)綜合競(jìng)賽、小學(xué)生讀書活動(dòng)演講,從多方面開(kāi)展素質(zhì)教育。四、抓常規(guī)保質(zhì)量

為盡可能地提高教育教學(xué)質(zhì)量,我從教學(xué)計(jì)劃到備課到上課到課后反思、批改作業(yè)、校本培訓(xùn)都進(jìn)行了具體的實(shí)施。段考后對(duì)自己進(jìn)行一次教學(xué)常規(guī)檢查。

五、加強(qiáng)學(xué)習(xí)提高自身素質(zhì)

學(xué)無(wú)止境,為自己能更好地為教育服務(wù),展現(xiàn)教師的人生價(jià)值,我常常教導(dǎo)自己要有終身學(xué)習(xí)的觀念,平時(shí)多讀書看報(bào),有機(jī)會(huì)多學(xué)習(xí)取經(jīng),鼓勵(lì)自己

多寫心得體會(huì)、教學(xué)所見(jiàn)所感、教育教學(xué)論文,不斷地提高自身素質(zhì)。

擴(kuò)展閱讀:12484040 張富

編號(hào)(學(xué)號(hào)):12484040

畢業(yè)論文

(201*屆本科)

題目:小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定及進(jìn)化分析學(xué)院:生物科學(xué)技術(shù)學(xué)院專業(yè):生物技術(shù)姓名:張富指導(dǎo)教師:郭志富完成日期:201*年06月08日

畢業(yè)論文任務(wù)書

論文題目學(xué)生姓名下發(fā)任務(wù)小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定及進(jìn)化分析日期張富指導(dǎo)教師201*年6月郭志富一.論文主要內(nèi)容根據(jù)已有小麥近緣屬種重結(jié)晶抑制蛋白基因(IRI),設(shè)計(jì)引物,對(duì)小麥野生近緣屬種山羊草、偃麥草、Thinopyrumpycnanthum等IRI基因進(jìn)行克隆、測(cè)序鑒定以及不同種屬的IRI基因進(jìn)行彼此的差異化分析、進(jìn)化分析,達(dá)到對(duì)IRI基因的全面的分析,為今后挑選抗凍性最強(qiáng)的IRI基因轉(zhuǎn)移道小麥品種等作物中從而提高其抗凍性奠定理論基礎(chǔ)。二.論文的基本要求1、學(xué)習(xí)掌握生物學(xué)文獻(xiàn)的檢索技能,查閱相關(guān)資料,撰寫文獻(xiàn)綜述。2、掌握組培技術(shù)、DNA提取實(shí)驗(yàn)技術(shù)及NCBIBLAST的使用。3、熟練使用引物設(shè)計(jì)軟件,操作PCR儀和連接、克隆、多序列分析。4、能夠通過(guò)自己設(shè)計(jì)的實(shí)驗(yàn),撰寫畢業(yè)論文,不少于10000字。5、能熟練閱讀與實(shí)驗(yàn)相關(guān)的中、英文文獻(xiàn)。

三.論文工作進(jìn)度安排階段123456備注:四.應(yīng)收集的資料及主要參考文獻(xiàn)(指導(dǎo)教師指定)1.周筱娟.低溫誘導(dǎo)的植物抗凍基因研究進(jìn)展[J].紹興文理學(xué)院學(xué)報(bào).第24卷第9期201*年9月2.NovilloF。AlonmJM.ColdacclimationofArabidopaisthalLana:Affectonplasmamembranelipidcompositionandefreeze-inducedlesions[J].PlantBiology,201*(11)139853990.3.SteponkusPLRoleofplamaamembraneincoldacclimationandfreezinginJuryInplants.Amlu.Rev[J].PlantPhysi01.1984.35:543584.4.HughesMA,DunnMA.Themolecularbiologyofplantacclimationtolowtemperature.JExpBot,1996,47:29l8055.GibsonS,ArondelV.Cloningofatemperatureregulatedgeneencodingachloroplastω-3desaturasefromArabidopsisthaliana.PlantPhvsiol。1994,106:1615~162l6.Liansenliu,MichaeJ.White,ThornasH.MacRae.Eur.JBiochem.1999,262,247~2577.黃文功.殷奎德.高中超-植物抗凍基因工程研究進(jìn)展生物技術(shù)通報(bào),201*年第2期8.劉曉丹.李海燕-CBF轉(zhuǎn)錄因子在提高植物抗逆性中的作用.安徽農(nóng)業(yè)科學(xué)。JournalofAnhuiAgri.5ci.201*.37{32}:1574915751論文各階段名稱閱讀文獻(xiàn),查找相關(guān)資料實(shí)驗(yàn)所需材料的整理材料DNA提取PCR擴(kuò)增及克隆測(cè)序處理數(shù)據(jù)、分析結(jié)果畢業(yè)論文成稿日期201*.06201*.06201*.06201*.06201*.12201*.01201*.05201*.05201*.

沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)畢業(yè)論文選題審批表

選題名稱學(xué)號(hào)小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定及進(jìn)化分析姓名郭志富張富專業(yè)職稱題目來(lái)源教師擬定(b)生物技術(shù)講師12484040指導(dǎo)教師對(duì)偃麥草屬、山羊草屬、冰草、黑麥草屬等小麥野生近緣屬種材料提取DNA,利用研NCBI已有小麥屬IRI蛋白基因同源引物克隆新的IRI基因,并連接到載體上,轉(zhuǎn)化大腸究桿菌后進(jìn)行陽(yáng)性克隆篩選,測(cè)序后進(jìn)行序列比對(duì)和進(jìn)化分析。內(nèi)容論文題目選定,資料查閱;準(zhǔn)備實(shí)驗(yàn)材料及試劑藥品;進(jìn)行前期準(zhǔn)備工作;研究提取材料DNA,進(jìn)行PCR擴(kuò)增并回收、克隆測(cè)序;計(jì)數(shù)據(jù)分析處理;劃撰寫論文。本實(shí)驗(yàn)在集中于發(fā)現(xiàn)多個(gè)小麥近緣屬種中的IRI基因,并進(jìn)行了不同品種間IRI基特因序列差異性分析和分子進(jìn)化分析。為挑選、鑒定抗凍性最強(qiáng)的IRI基因的篩選以及后色續(xù)的轉(zhuǎn)基因的工作奠定理論基礎(chǔ)。指導(dǎo)教師意見(jiàn)教研室意見(jiàn)學(xué)院意見(jiàn)

畢業(yè)論文指導(dǎo)記錄

學(xué)生姓名指導(dǎo)教師姓名論文題目時(shí)間學(xué)生簽字:年月日指導(dǎo)教師簽字:年月日教研室主任簽字:年月日張富郭志富專業(yè)職稱講師生物技術(shù)本年度指導(dǎo)畢業(yè)生人數(shù)5小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定及進(jìn)化分析地點(diǎn)指導(dǎo)內(nèi)容

沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)畢業(yè)論文考核表

論文題目:小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定及進(jìn)化分析姓名:張富學(xué)號(hào):12484040專業(yè):生物技術(shù)指導(dǎo)教師評(píng)語(yǔ):指導(dǎo)教師(簽字):年月日評(píng)閱人評(píng)審意見(jiàn):評(píng)閱人(簽字):年月日答辯委員會(huì)意見(jiàn):成績(jī):主任委員(簽字):年月日

目錄

摘要.............................................................................................................................................................1Abstract...........................................................................................................................................................2前言.............................................................................................................................................................31.IRI蛋白的研究概述...................................................................................................................................3

1.1抗凍蛋白(AFPs)的特性.............................................................................................................41.2植物AFPs發(fā)現(xiàn)...............................................................................................................................41.3植物IRI蛋白的理化性質(zhì)及特征...................................................................................................41.4植物AFPs的結(jié)構(gòu)模型特征...........................................................................................................51.5抗凍蛋白的作用機(jī)理......................................................................................................................61.6AFPs的研究意義和應(yīng)用.................................................................................................................61.7植物AFPs的研究現(xiàn)狀...................................................................................................................72.材料、試劑................................................................................................................................................9

2.1材料及處理......................................................................................................................................92.2菌株與載體......................................................................................................................................92.3酶與試劑.........................................................................................................................................92.4實(shí)驗(yàn)相關(guān)儀器及生物軟件............................................................................................................102.5相關(guān)試劑的配制............................................................................................................................103.實(shí)驗(yàn)方法與步驟......................................................................................................................................12

3.1植物基因組DNA的提。ㄖ参锘蚪MDNA提取試劑盒)...................................................123.2IRI基因的PCR擴(kuò)增.....................................................................................................................123.3目的片段與載體連接....................................................................................................................133.4轉(zhuǎn)化................................................................................................................................................143.5陽(yáng)性克。核{(lán)白斑篩選................................................................................................................143.6菌落PCR.......................................................................................................................................143.7搖菌測(cè)序........................................................................................................................................154.實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析.....................................................................................................................................15

4.1PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)....................................................................................................154.2測(cè)序結(jié)果及分析............................................................................................................................164.3測(cè)序結(jié)果的DNA多序列比多和氨基酸序列比對(duì)分析..............................................................174.4IRI的進(jìn)化分析...............................................................................................................................205.討論.....................................................................................................................................................23參考文獻(xiàn).......................................................................................................................................................25致謝.........................................................................................................................................................27

":null,"page":{"ph":1262.879,"pw":892.979,"v":6,"t":"1","pptlike":null,"cx":0,"cy":0,"cw":892.979,"ch":1262.879}})沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)士學(xué)位論文

摘要

小麥野生近緣屬種中蘊(yùn)含豐富的抗性資源,是小麥遺傳改良的天然基因庫(kù)。重結(jié)晶抑制蛋白(IceRecrystallizationInhibitionprotein,IRI)能結(jié)合于冰晶表面阻止冰晶生長(zhǎng),從而提高植物抗寒能力。在小麥野生近緣屬種中廣泛分離IRI基因,并對(duì)其進(jìn)行功能分析,對(duì)后續(xù)篩選優(yōu)勢(shì)IRI基因轉(zhuǎn)入到小麥等作物品種從而提高抗寒力具有重要意義。本文主要研究結(jié)果如下:

(1)在5個(gè)小麥野生近緣屬材料中,克隆得到編號(hào)為B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W21共8個(gè)序列具有典型IRI基因的保守區(qū)特征,同時(shí)在氨基酸組成上存在一定的結(jié)構(gòu)差異。(2)在所得IRI基因中,DNA序列最短的為849bp,最長(zhǎng)為864bp,其中B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W25編碼的氨基酸總數(shù)分別為287、283、286、288、284、285、288、284。(3)B24和W25基因末端由于堿基的缺失,導(dǎo)致移碼突變,使得后續(xù)氨基酸突變,該突變可能引起IRI蛋白的功能的改變。

(4)B25基因編碼的半胱氨酸只有3個(gè),為奇數(shù)個(gè),而其余的7個(gè)基因編碼的半胱氨酸均為4個(gè),是偶數(shù)個(gè)。該氨基酸的突變是由于單堿基置換引起的,推測(cè)可能會(huì)影響IRI蛋白的功能。

(5)進(jìn)化分析表明,不同材料中克隆出的IRI基因親緣關(guān)系可能比同一材料中的更近,說(shuō)明IRI基因家族存在較為豐富的變異,推測(cè)可能是在植物長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中不斷適應(yīng)低溫變化而調(diào)整自身基因結(jié)構(gòu)從而適應(yīng)低溫環(huán)境的原因。

關(guān)鍵詞:重結(jié)晶抑制蛋白;低溫;抗凍蛋白;小麥野生近緣屬種;克;進(jìn)化分析

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

Abstract

Thewildrelativesofwheatarespeciescontainsrichresourcesofresistanceisthenaturalgenepoolforwheatimprovement.Recrystallizationinhibitionprotein(IceRecrystallizationInhibitionprotein,IRI)cancombinetopreventthegrowthoficecrystalsintheicesurface,therebyimprovingplantcoldtolerance.IRIgeneinthewildrelativesofwheatspecieswidelyseparated,andfunctionalanalysis,andfollow-upscreeningadvantageIRIgeneintothewheat,andothercropvarieties,therebyenhancingthecoldhardinessofgreatsignificance.

Inthispaper,resultsareasfollows:

(1)infivewildrelativesofwheatmetallicmaterials,theclonednumberB2A,B2B,B15C,B24,B25,W15,W17,W218sequencestypicalIRIgenesconservedregioncharacteristics,whileintheaminoacidcompositiontherearesomestructuraldifferences.

(2)theproceedsofIRIgenes,DNAsequencesaretheshortest849bp,upto864bp,ofwhichthetotalnumberofB2A,B2B,B15C,B24,B25,W15,W17,W25-encodedaminoacidswere287,283,286,288,284,285,288,284.

(3)theendoftheB24andW25genebasedeletion,resultinginframeshiftmutation,makingthesubsequentaminoacidmutations,themutationsmaycausefunctionalchangesofIRIprotein.

(4)B25geneencodingthecysteine3isanoddnumber,whiletheremainingsevengenesencodingcysteineare4,isanevennumber.Theaminoacidmutationsarecausedbysinglebasesubstitutions,suggestingthatmayaffectthefunctionoftheIRIprotein.

(5)ThephylogeneticanalysisshowedthatclonedindifferentmaterialsIRIgenephylogeneticrelationshipmaybecloserthaninthesamematerial,indicatingthattheIRIgenefamilythereismorevariation,andspeculatedthatitmightcontinueinthelong-termevolutionaryprocessofplantadaptationtolowtemperaturechangesadjustitsgenestructuretoadapttothereasonsofthelow-temperatureenvironment.

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沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)士學(xué)位論文

前言

植物在為了適應(yīng)環(huán)境而進(jìn)化出不同的抗性條件。植物生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中,溫度作為一個(gè)重要的環(huán)境因子對(duì)其生長(zhǎng)、生殖和分布起著關(guān)鍵的作用。溫度的不同導(dǎo)致植物在不同地區(qū)分布不同的主要原因之一,低溫不僅在很大程度上限制植物的種植范圍,同時(shí)還會(huì)造成減產(chǎn)和品質(zhì)下降,嚴(yán)重時(shí)甚至絕收。根據(jù)植物對(duì)低溫的反應(yīng)差異,可以將植物簡(jiǎn)要分為兩類:一類是耐寒能力弱或不能耐寒的植物,也稱冷敏感植物;另一類是抗寒植物,也稱冷不敏感植物。不抗寒植物主要分布于熱帶和亞熱帶地區(qū),10~12℃的非冰凍低溫即可引起對(duì)植物生命活動(dòng)的傷害,而抗寒植物生長(zhǎng)于溫帶、寒帶地區(qū),在長(zhǎng)期的進(jìn)化過(guò)程中形成了低溫相應(yīng)的抵抗能力,但在不同植物之間抗寒能力強(qiáng)弱上存在差異[1,2]。

就小麥這一品種作物而言,生長(zhǎng)在我國(guó)南方的小麥和生長(zhǎng)在我國(guó)北方的小麥表現(xiàn)了不同差異。南方的小麥處于溫和的地區(qū),沒(méi)有低溫寒害的環(huán)境,小麥存活而產(chǎn)量高。相比較而言,北方的小麥耐寒的能力相對(duì)較強(qiáng),但是依舊會(huì)面著驟降低溫寒害。但是,由于南方的小麥不具抗寒能力,將南方的小麥移植到北方從而提高北方小麥的產(chǎn)量的想法卻沒(méi)有成功,此外,北方的的小麥的抗寒能力也有限。小麥?zhǔn)侨蚍N植總產(chǎn)量第二的糧食作物,僅次于玉米,每年因?yàn)榈蜏睾Χ斐傻男←湏p失達(dá)數(shù)千億美元,所以提高小麥的抗寒能力尤為重要。所以,通過(guò)研究小麥野生近緣屬種植物中抗寒能力最強(qiáng)的植物,將其對(duì)抗寒能力起著重要作用的的相關(guān)基因克隆出來(lái),通過(guò)轉(zhuǎn)基因技術(shù)轉(zhuǎn)移到小麥等相關(guān)的作物中提高作物的抗寒能力,免受或降低低溫的損害從而提高小麥的產(chǎn)量相當(dāng)重要。

在長(zhǎng)期的進(jìn)化過(guò)程中,植物形成的抗凍蛋白具有抗凍、抗病雙重功能。植物抗凍蛋白提高植物抗凍性的主要途徑不是阻止冰晶的形成,而是調(diào)控胞外冰晶的增長(zhǎng)及抑制冰的重結(jié)晶,避免冰晶增大而產(chǎn)生致死性的機(jī)械損傷[3,4].IRI蛋白是具有重結(jié)晶抑制活性的AFP蛋白,主要分布于南北回歸線以外高緯度地區(qū)以及高山高寒區(qū),常見(jiàn)的有高山雪蓮、胡蘿卜[5]、黑麥草[6]、沙生冰草[7]、沙冬青[8]等,它們共同的特點(diǎn)是都經(jīng)過(guò)冷誘導(dǎo),IRI蛋白表達(dá)從而提高植物的抗寒性。

1.IRI蛋白的研究概述

抗凍蛋白(antifreezeproteins,AFPs)是1969年Devrjes在南極Mcmurdo海峽的一種Nototheniid魚的血液中首次發(fā)現(xiàn)的,它是生物體在受凍害脅迫時(shí)產(chǎn)生并籍此防止細(xì)胞免受冰凍傷害.AFPs已經(jīng)在多種冰凍耐受機(jī)體中發(fā)現(xiàn),包括魚類、昆蟲、陸生節(jié)肢動(dòng)物、細(xì)菌、真菌和植物.其中,有關(guān)植物AFPs的研究起步較晚,20世紀(jì)90年代初

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

期才開(kāi)始研究植物中的AFPs.近年來(lái),AFPs的研究已取得重大進(jìn)展,成為生命科學(xué)中較為活躍而且發(fā)展迅速的課題之一.

1.1抗凍蛋白(AFPs)的特性

抗凍蛋白是一類抑制冰晶生長(zhǎng)的蛋白質(zhì),它能以非依數(shù)性形式降低水溶液的冰點(diǎn)而對(duì)其熔點(diǎn)影響甚微,于是導(dǎo)致水溶液的熔點(diǎn)(meltingpoint,MP)和冰點(diǎn)(freezingpoint,F(xiàn)P)之間出現(xiàn)差值,這種差值稱為熱滯活性(thermalhysteresisactivity,THA),因而抗凍蛋白亦稱為熱滯蛋白或溫度遲滯蛋白(thermalhysteresisproteins,THPs)。AFPs從發(fā)現(xiàn)至今,有兩個(gè)特性,其中之一是產(chǎn)生熱滯效應(yīng).一般溶液(如Nacl,蔗糖溶液等)的冰點(diǎn)是固、液兩相蒸氣壓平衡時(shí)的溫度,因而冰點(diǎn)應(yīng)等于熔點(diǎn).但是AFPs這類大分子只影響結(jié)冰過(guò)程,幾乎不影響熔化過(guò)程,使冰點(diǎn)低于熔點(diǎn),這種現(xiàn)象叫做熱滯效應(yīng).熱滯是一種非理想溶液的行為,AFPs的冰點(diǎn)不由溶液的依數(shù)性決定,而它的熔點(diǎn)卻由溶液的依數(shù)性決定,使二者出現(xiàn)差值,冰點(diǎn)和熔點(diǎn)的差值稱為熱滯值[10].AFPs的另一個(gè)特性是抑制冰晶的重結(jié)晶,AFPs通過(guò)抑制冰晶的重晶化,防止小的冰晶結(jié)成更大的冰晶,使形成的冰晶小且均勻.因此,它可以減輕冰晶在凍融的動(dòng)態(tài)變化中對(duì)生物體的傷害.AFPs的上述特性都是通過(guò)AFPs與冰晶的表面相互作用而實(shí)現(xiàn)的。以上兩個(gè)特性可作為判定AFPs的依據(jù)。

[9]

1.2植物AFPs發(fā)現(xiàn)

Griffithetal.[11]1992年第一次明確提出已經(jīng)獲得植物植物內(nèi)源AFPs,從經(jīng)低溫有道忍受細(xì)胞外結(jié)冰的冬黑麥(SecalecerealeL.)葉片質(zhì)外體中得到并部分純化了該蛋白,Dumanetal.[12]多種植物中發(fā)現(xiàn)了具有熱滯效應(yīng)的蛋白質(zhì),并從千年不爛心(Solanumdulcamara)的冬季枝條中分離到分子量為67kD的抗凍糖蛋白[13]。1994年,費(fèi)云標(biāo)等[14]從強(qiáng)抗凍植物沙冬青(Ammopiptanthusmonglicus)葉片中發(fā)現(xiàn)AFPs,隨后,越來(lái)越多的抗凍蛋白相繼被發(fā)現(xiàn)。

1.3植物IRI蛋白的理化性質(zhì)及特征

Griffithetal.[11]于1992年從冬黑麥(SecalecerealeL.)的質(zhì)外體中分離和純化了AFPs的研究表明冬黑麥的AFPs包括7個(gè)AFPs(分子量從1l~36kD),這些蛋白存在著彼此的相似氨基酸組成,均富含Asp/Asn,Glu/Gln,ser,Thr,Gly,Ala,均缺少His,Cys含量達(dá)5%以上.而且Western印跡分析表明,植物冬黑麥的AFPs同魚及昆蟲富含Cys的AFPs沒(méi)有共同的抗原決定簇.1994年費(fèi)云標(biāo)等[14]從強(qiáng)抗凍植物沙

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沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)士學(xué)位論文

冬青(Ammopiptanthsumongolicus)中發(fā)現(xiàn)AFPs,接著他們從沙冬青葉片中分理出AFPs,其中一種為熱穩(wěn)定的抗凍糖蛋白AFPs,分子量為40kD,熱滯活性為0.9℃(20mgmL-1),和其它AFPs進(jìn)行比較,沒(méi)有發(fā)現(xiàn)相同的類型,測(cè)定其N一端20個(gè)氨基酸為SDDLLFNKFVPCQTDILF,表明它與植物凝集素具有同源性[15].另外3種不是糖蛋白,它們分別為:分子量67kD,熱滯活性O(shè).46℃(8mgmL-1),分子量2lkD.熱滯活性0。46℃(8mgmL-1)分子量39.8kD.熱滯活性0.45℃(10mgmL-1)[16].Sidebottometal[17]從一種越冬的多年生黑麥草(Loliumperenne)中發(fā)現(xiàn)了一種熱穩(wěn)定性的AFPs,這種蛋白由118個(gè)氨基酸組成,100℃時(shí)仍穩(wěn)定存在,熱滯效相對(duì)較低,但對(duì)球晶重結(jié)晶抑制效應(yīng)是魚的AFPs(TypⅢ)的200倍.因此,在低溫條件下,推測(cè)冬麥草AFPs的重結(jié)晶抑制效應(yīng)可能是細(xì)胞避免冰凍損傷的重要生理基礎(chǔ).

綜合已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的植物AFPs,發(fā)現(xiàn)具有以下特點(diǎn):

(1)不同植物的AFPs的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)上差別很大,表現(xiàn)在氨基酸序列相似性低。雖然其在DNA和氨基酸水平上完全不同(幾乎沒(méi)有同源性)但卻擁有相似的高級(jí)結(jié)構(gòu),冰晶結(jié)合位點(diǎn)也有一定的相似性。而且都可以通過(guò)表面互補(bǔ)模型較好地解釋它們與冰晶之間的相互作用,但植物的AFPs表面互補(bǔ)模型也存在很多問(wèn)題(如至今還無(wú)法確定表面互補(bǔ)模型中到底含有多少種作用力的存在),每種作用力的貢獻(xiàn)程度和作用方式更是需要進(jìn)一步的研究[18,19]。現(xiàn)在一般認(rèn)為范德華力和疏水作用可能起著主要的作用,氫鍵起著輔助的作用。

(2)已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的植物AFPs不僅僅只具有抗凍活性,還存在酶功能(如已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的內(nèi)切幾丁質(zhì)酶[18],內(nèi)切β-1,3葡聚糖酶),抗菌功能(如甜味蛋白等)和抗蟲功能(植物凝集素),抗旱功能(植物脫水素)等活性;

(3)總體上已發(fā)現(xiàn)的大部分植物AFPs的熱滯活性都大大低于魚類和昆蟲AFPs的熱滯活性,但也有例外,有些植物(如黑麥草)的AFPs的冰晶重結(jié)晶抑制效應(yīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)大于魚類和昆蟲AFPs,表明了植物AFPs存在的多樣性。所以,推測(cè)植物AFPs提高本身的抗凍性的主要途徑不是通過(guò)阻止冰晶形成,而是通過(guò)控制冰晶增長(zhǎng)和抑制冰晶重結(jié)晶效應(yīng);

(4)植物的AFPs表達(dá)除了被低溫誘導(dǎo)外,還能被其它外因影響,如干旱[19],外源乙烯

[20]

(可誘導(dǎo)冬黑麥的AFPs),脫落酸

[21]

等也可誘導(dǎo)植物AFPs的產(chǎn)生。推測(cè)植物的AFPs

可能還有其它方面的功能。

1.4植物AFPs的結(jié)構(gòu)模型特征

由于最初發(fā)現(xiàn)的AFPs來(lái)自魚類,所以有關(guān)魚類AFPs的結(jié)構(gòu)模型的研究較多,但是與植物相關(guān)的的AFPs研究相對(duì)較晚,而且植物的AFPs存在較大的差異性,所以植物相關(guān)的AFPs研究較少。201*年Kuiperetal.[22]在研究多年生黑麥草的AFPs的中發(fā)現(xiàn)

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

其抑制活性高,熱滯活性低,而且其一級(jí)結(jié)構(gòu)中含有重復(fù)性的序列。他們從理論提出了一種三維結(jié)構(gòu)模型:在獲得的包含個(gè)118個(gè)氨基酸的AFPs的多肽中,每14~15個(gè)氨基酸組成一個(gè)環(huán),8個(gè)這樣的環(huán)組成一個(gè)β-筒狀結(jié)構(gòu),β-筒狀結(jié)構(gòu)的一端是保守的纈氨酸疏水核,另一端是由內(nèi)部天冬酰氨組成的梯狀結(jié)構(gòu)。已知纈氨酸是疏水性氨基酸,天冬酰氨是親水性氨基酸;β-筒狀結(jié)構(gòu)的親水端與冰晶表面吻合互補(bǔ),疏水端則有效地防止了水與冰晶的結(jié)合,阻止了冰晶繼續(xù)生長(zhǎng)。這個(gè)模型很好地解釋了植物AFPs熱滯活性低、冰重結(jié)晶抑制活性高的現(xiàn)象。

1.5抗凍蛋白的作用機(jī)理

(1)熱滯效應(yīng)。大量研究發(fā)現(xiàn)抗凍蛋白降低溶液冰點(diǎn)的效率比一般溶質(zhì)要高。在較低濃度下,抗凍蛋白降低溶液冰點(diǎn)的效應(yīng)隨其濃度增加而增強(qiáng),在較高濃度下,這種效應(yīng)逐漸趨于飽和?箖龅鞍椎男(yīng)可與NaCl等溶質(zhì)的效應(yīng)相加而共同使冰點(diǎn)大幅度降低,以非依數(shù)性形式降低水溶液的冰點(diǎn),對(duì)熔點(diǎn)影響很小,所以導(dǎo)致水溶液的熔點(diǎn)和冰點(diǎn)出現(xiàn)差值。這種現(xiàn)象叫做熱滯效應(yīng),因而抗凍蛋白也被稱為熱滯蛋白或溫度遲滯蛋白[23]。

(2)冰晶形態(tài)效應(yīng)。抗凍蛋白能抑制冰晶生長(zhǎng),而且這種抑制作用在不同的方向上有強(qiáng)弱之分,進(jìn)而引起冰晶形態(tài)的改變。冰通常以平行于晶格基面(a軸)的方式生長(zhǎng),在垂直基面(c軸)很少生長(zhǎng),因此冰晶格呈扁圓狀。低濃度的抗凍蛋白優(yōu)先抑制冰沿a軸生長(zhǎng),因此冰晶格的六邊柱表面變得明顯。而在高濃度的抗凍蛋白下,冰晶格主要沿c軸生長(zhǎng),形成六邊雙棱錐及針形晶體。有研究者認(rèn)為,抗凍蛋白的這種作用,可以在生物體內(nèi)調(diào)節(jié)胞外冰晶的生長(zhǎng)形態(tài),以盡量避免冰晶對(duì)細(xì)胞膜造成機(jī)械損傷[24]。(3)抑制冰晶的重結(jié)晶。重結(jié)晶是指在已經(jīng)形成的晶體顆粒之間進(jìn)行生長(zhǎng)重分配,大的愈大,小的愈小。這種情況多發(fā)生在溫度波動(dòng)之時(shí),往往對(duì)植物體細(xì)胞造成致命傷害。而抗凍蛋白具有抑制重結(jié)晶的作用,所形成的晶體體積小而比較均勻。抑制冰的重結(jié)晶對(duì)于某些生物特別是耐凍生物具有更重要的意義,而且引人注意的就是重晶化的抑制作用比冰晶生長(zhǎng)的抑制作用更容易達(dá)到,即只需要少量抗凍蛋白(20μgmL-1),就有較高的重結(jié)晶抑制活性

[25]

。

所以,通過(guò)克隆出能被冷誘導(dǎo)表達(dá)的IRI基因,通過(guò)轉(zhuǎn)基因手段轉(zhuǎn)移到到所需作物中,誘導(dǎo)IRI基因的表達(dá)從而提高作物的抗凍能力。

1.6AFPs的研究意義和應(yīng)用

植物抗冰凍存在著多種機(jī)制,抗凍蛋白的發(fā)現(xiàn)和研究揭示了植物抵御低溫的又一途徑,為我們了解植物的抗凍作用原理提供了新的思路,同時(shí)也為生產(chǎn)實(shí)踐提供了理論依

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據(jù)。

農(nóng)業(yè)上,從1998年,worralletal[26]從胡蘿中發(fā)現(xiàn)第一個(gè)植物AFPs基因后,獲得其cDNA并將其連接道表達(dá)載體的雙CAMV35s啟動(dòng)子之后導(dǎo)人煙草,讓其組成性表達(dá),對(duì)其進(jìn)行抗凍功能驗(yàn)證。此外,還用蛋白質(zhì)免疫雜交法進(jìn)行檢測(cè),發(fā)現(xiàn)了AFPs在煙草已表達(dá)。同時(shí),將這些表達(dá)的AFPs進(jìn)行提取,發(fā)現(xiàn)含有胡蘿卜AFPs的煙草提取物可以抑制冰晶的生長(zhǎng)。由于植物內(nèi)源AFPs基因更適合在植物體內(nèi)表達(dá),由此產(chǎn)生的轉(zhuǎn)基因植物在抗寒凍性改變將會(huì)更明顯。該實(shí)驗(yàn)成果為后續(xù)將抗凍性強(qiáng)的植物中的AFPs蛋白通過(guò)轉(zhuǎn)基因技術(shù)轉(zhuǎn)移到小麥、玉米、水稻等作物或是植物奠定了理論基礎(chǔ)與實(shí)驗(yàn)技術(shù)方案基礎(chǔ),使農(nóng)作物提高自身的抗凍性進(jìn)而提高糧食產(chǎn)量。

醫(yī)藥上主要將AFPs用于細(xì)胞、器官的超低溫保存。研究表明,AFPs可用于人和動(dòng)物的卵、精子、胚胎或肝臟等器官的超低溫保存,從而改善其冷凍質(zhì)量[27]。此外,由于植物AFPs的多樣性,某些植物的AFPs冰晶重結(jié)晶抑制效應(yīng)比動(dòng)物AFPs大的多,所以植物AFPs在醫(yī)學(xué)上所起的作用將會(huì)更大。

由于AFPs在食品的冰凍、儲(chǔ)藏、運(yùn)輸和解凍等過(guò)程中均能抑制重結(jié)晶化,并能減少滴液以防止?fàn)I養(yǎng)成分的損失[28].食品上,植物AFPs已經(jīng)應(yīng)用于冷凍食品業(yè)如:冰淇淋[29]的制造和保存,冷凍肉[30]的保存等等。

1.7植物AFPs的研究現(xiàn)狀

植物體內(nèi)AFPs的形成是比較復(fù)雜的過(guò)程,溫度的降低是形成AFPs的主要因素。溫度控制抗凍基因的表達(dá),AFPs與植物的抗性密切聯(lián)系。相對(duì)于動(dòng)物蛋白而言,的研究植物AFPs的研究起步較晚,雖然已被研究的植物材料達(dá)40余種,但真正被分離并被轉(zhuǎn)基因功能驗(yàn)證的AFPs并不多。目前,主要對(duì)以下植物的AFPs進(jìn)行了研究:冬黑麥、千年不爛心、沙冬青、無(wú)頭甘藍(lán)、胡蘿、桃樹、冬小麥、黑麥草、唐古紅景天、珠芽蓼[31-33]。在小麥族中抗凍蛋白被稱為重結(jié)晶抑制蛋白(IceRecrystallisationInhibition,IRI)或IAPs(Ice-activeproteins)。Sandve[34]從黑麥草和大麥中分離了15個(gè)IRI蛋白基因,并與水稻、擬南芥等相應(yīng)同源基因進(jìn)行了分子進(jìn)化分析。Krishnanand[15]從黑麥草中分離了5個(gè)IAPs基因,比較結(jié)果表明其均具有IRI類似基因的典型結(jié)構(gòu)特征,同時(shí)存在一定的差異。對(duì)其中3個(gè)基因進(jìn)行體外表達(dá)和功能分析發(fā)現(xiàn),IAPs均具有抑制重結(jié)晶的活性。Tremblay[36]等從冬小麥中分離了2個(gè)IRI蛋白基因TaIRI1和TaIRI2,并對(duì)兩個(gè)基因進(jìn)行了體外表達(dá)分析,但對(duì)于IRI蛋白基因的功能分析及遺傳轉(zhuǎn)化未做詳細(xì)研究,限制了對(duì)IRI基因功能和表達(dá)調(diào)控機(jī)制的全面了解。

本研究以小麥野生近緣屬種尾狀山羊草、彭梯卡侖麥草、支藥大麥草、布頓大麥草、沙生冰草為研究材料,對(duì)小麥野生近緣屬種IRI基因基因進(jìn)行分離和鑒定,克隆其編碼區(qū),并對(duì)所克隆IRI基因進(jìn)行進(jìn)化分析,即小麥野生近緣屬種IRI基因之間彼此在堿基

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

排列、氨基酸、重復(fù)區(qū)的等的共同性與差異性。這些將為闡明小麥低溫脅迫過(guò)程中IRI基因表達(dá)調(diào)控機(jī)理以及更詳盡的揭示小麥抗寒分子機(jī)制提供重要參考,同時(shí)為發(fā)掘新型抗寒基因和通過(guò)轉(zhuǎn)基因技術(shù)提高小麥的抗寒力奠定理論基礎(chǔ)。

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2.材料、試劑

2.1材料及處理

供試材料:尾狀山羊草、彭梯卡侖麥草、支藥大麥草、布頓大麥草、沙生冰草等小麥近緣屬種編號(hào)為B1-B25(25個(gè)品種)、W1-W15(15個(gè)品種)201*系列(201*-1,201*-4,201*-7三個(gè)品種)、PI(37個(gè)品種)和W6(8個(gè)品種)系列開(kāi)頭。在90個(gè)品種中,種質(zhì)資源B1-B25、W1-W15和201*系列來(lái)源于中國(guó)農(nóng)科院、PI和W6由美國(guó)種子資源中心提供。

材料處理:挑選籽粒飽滿的小麥野生近緣屬種材料種子,將其表面用75%的酒精消毒,然后將種子放在墊有濕潤(rùn)濾紙的培養(yǎng)皿上,置于25℃恒溫培養(yǎng)箱中發(fā)芽,保持種子充分濕潤(rùn)。待幼苗生長(zhǎng)7-14d左右種子長(zhǎng)出幼苗后,選取綠色嫩葉進(jìn)行DNA提取。

2.2菌株與載體

試驗(yàn)所用大腸桿菌菌株E.coliTop10購(gòu)于天根生化科技(北京)有限公司。質(zhì)粒載體pGM-T購(gòu)自TaKaRa公司。

2.3酶與試劑

新型植物基因組DNA提取試劑盒、DL201*DNAmarker、T4DNA連接酶、pGM-T載、Taq酶購(gòu)于天根生化科技(北京)有限公司,IPTG,X-Gal,瓊脂糖凝膠回收試劑盒購(gòu)于XYGEN公司,引物由賽百盛公司合成,測(cè)序由北京天根公司、上海生工完成;其余試劑為國(guó)產(chǎn)分析純,取自沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)國(guó)資處,低熔點(diǎn)瓊脂糖為Sigma公司產(chǎn)品。

液氮純度為99.999,由沈陽(yáng)特種氣體廠提供。

實(shí)驗(yàn)所用引物:

IRI-F:5-ATGGCGAAATGC(G/T)GGCTG-3IRI-F新:5-ATGGCGCC(A/G)AAATGCTGGCT-3

IRI-R1:5-ATTGTGAGCTACACTGAACTTGGACA-3IRI-R2:5-TCATTCATCTCCTACGACTTTGTT-3IRI22-R:5-CCAAGCTTTCATTCATCTCCTGTT-3IRIR1新:5-GATTGTGAGCTACACTGAACTTGG-3IRIR2新:5-TCATTCATCTCCTACGACTTTGTT-3IRIR3新:5-TTAACCTCC(T/C)GTCACGACTTTGTT-3

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

其中引物組合為:IRI-F和IRI-R1、IRI-F和IRI-R2、IRI-F和IRI22-R、IRI-F和IRIR1新、IRI-F和IRIR2新、IRI-F和IRIR3新;IRI-F新和IRIR1新、IRI-F新和IRIR2、IRI-F新和IRIR3新。

由于要克隆的IRI基因多樣性,在根據(jù)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的IRI基因數(shù)據(jù),用primer設(shè)計(jì)引物克隆小麥近緣屬種中IRI基因時(shí),發(fā)現(xiàn)即使在同源區(qū)段也存在一個(gè)或多個(gè)堿基的不同,所以設(shè)計(jì)了兼并引物的同時(shí)也設(shè)計(jì)了多對(duì)引物。本課題研究的是克隆多個(gè)與小麥親緣關(guān)系較近的植物屬種的IRI基因,數(shù)據(jù)量以及信息較多,所以利用多對(duì)引物對(duì)實(shí)驗(yàn)材料進(jìn)行廣泛的IRI基因篩選。

2.4實(shí)驗(yàn)相關(guān)儀器及生物軟件

主要儀器:BIO-RADPTC-200型PCR儀;BIO-RAD凝膠成像儀;DYY-8B穩(wěn)壓穩(wěn)流電泳儀;超純水儀(PALLPL5243);HERMLEZ233MK-2臺(tái)式微量冷凍離心機(jī);HITACHISCR20BA高速冷凍離心機(jī);HH-6恒溫水浴鍋;MP200A分析天平;Eppendorf移液器2.5ul、10ul、100ul、1000ul;超凈工作臺(tái)。

相關(guān)生物學(xué)軟件及網(wǎng)站:引物設(shè)計(jì)軟件Primer5.0,序列分析軟件DNAMAN,MEGA3.0,NCBIBlast:。

2.5相關(guān)試劑的配制

液體LB培養(yǎng)基(1L):

細(xì)菌培養(yǎng)用胰化蛋白胨10.0g細(xì)菌培養(yǎng)用酵母提取物5.0gNaCl10.0g

固體LB培養(yǎng)基(1L):

細(xì)菌培養(yǎng)用胰化蛋白胨10.0g細(xì)菌培養(yǎng)用酵母提取物5.0gNaCl10.0g瓊脂15.0g

在950mL去離子水中加入以上各溶質(zhì),充分?jǐn)嚢枞芙,滴?molL-1NaOH(約0.2mL)調(diào)節(jié)pH值至7.0,加入去離子水至總體積為1L(固體培養(yǎng)基每L加15g瓊脂粉),121℃高壓蒸汽滅菌20min。

100mgmL-1氨芐青霉素(Amp)貯液:稱取100mgAmp溶于1mLddH2O中,

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用0.22m濾器過(guò)濾除菌,-20℃保存。

0.1molmL-1IPTG(異丙基硫代β-D-半乳糖苷):稱取2gIPTG溶于8mLddH2O中,充分混合溶解后定容至10mL,用0.22m濾膜過(guò)濾除菌,每份1mL,-20℃保存。

20mgmL-1X-Gal(5-溴-4-氯-3吲哚-β-D-半乳糖苷):稱取1gX-Gal置于50mL離心管中,加入40mLDMF(二甲基甲酰胺),充分混合溶解后定容至50mL,每份1mL,-20℃避光保存。

10gmL-1EB溶液(溴乙錠):1mg溴乙錠加入100mL去離子水中,充分溶解后轉(zhuǎn)移至棕色瓶中,室溫避光保存。工作時(shí)稀釋到0.5gmL-1。

10×TBEBuffer(pH8.3):Tris108gNa2EDTA2H2O7.44g硼酸55g定容至1000mL,室溫保存。

上樣緩沖液(6×):稱取溴酚藍(lán)250mg,加重蒸水10mL,室溫下過(guò)夜,待溶解后再稱取蔗糖40g,加重蒸水溶解后移入溴酚藍(lán)溶液中,混勻后加重蒸水定容至100ml。

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

3.實(shí)驗(yàn)方法與步驟

3.1植物基因組DNA的提取(植物基因組DNA提取試劑盒)

1)取植物新鮮組織100mg或干重20mg,加液氮充分研磨。用小勺取適當(dāng)研磨碎屑于1.5ml或2.0ml離心管中,離心管中已加入400ml緩沖液LP1和6LRNaseA(10mg/L),漩渦震蕩1min靜置10min(室溫)。

2)加入130ml緩沖液LP2,充分混勻,漩渦震蕩1min。3)1201*r/min離心5min,將上清液移至新離心管。

4)加入1.5倍體積緩沖液LP3立即充分混勻15s,可能會(huì)有絮狀沉淀。

5)將上一步所得溶液和絮狀沉淀都加入一個(gè)吸附柱CB3中(吸附柱放入收集管中),1201*r/min離心30s,倒廢液,吸附柱CB3放入收集管中。注:因步驟4中總體積=750+500=1250L,而吸附柱最大容積為700L。故步驟5分為兩小步:(1).先吸取700L液加入到吸附柱CB3,1201*r/min離心30s,倒廢液。(2).再吸剩余550L液加入到吸附柱CB3重復(fù)一次。

6)向吸附柱CB3中加700ml漂洗液PW(使用前檢查是否已加入無(wú)水乙醇),1201*r/min離心30s。倒廢液,將吸附柱CB3放回收集管中。注:若吸附柱膜呈綠色,向吸附柱CB3中加500L無(wú)水乙醇,1201*r/min離心30s,倒掉廢液,將吸附柱CB3放入收集管中。7)向吸附柱CB3中加入500L漂洗液PW,1201*r/min離心30s,倒掉廢液。

8)將吸附柱CB3放回收集管中,1201*r/min離心2min,倒掉廢液。將吸附柱CB3放置室溫?cái)?shù)分鐘(5-6min)以徹底晾干吸附柱中殘余的漂洗液。注:這一步目的是去除吸附柱中殘余的漂洗液,漂洗液中乙醇的殘余會(huì)影響后續(xù)酶反應(yīng)實(shí)驗(yàn)。

9)將吸附柱CB3轉(zhuǎn)入一個(gè)干凈離心管中,向吸附膜中間部位懸空滴加50-200L洗脫緩沖液TE,室溫靜置2-5min,1201*r/min離心2min,將溶液收集到離心管中。注:為增加基因組DNA得率,可將離心溶液再加入吸附柱CB3中室溫靜置2min。

3.2IRI基因的PCR擴(kuò)增

PCR體系:下述溶液、試劑按順序添加

ddH201*.6l

10×TaqPCR緩沖液2.5ldNTPs0.4l引物F1.0l引物R1.0l

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模板DNA2l

Taq酶(Tiangen)0.5l注:引物F指代IRI-F、IRI-F新

引物R指代IRI-R1、IRI-R2、IRI22-R、IRIR1新、IRIR2新、IRIR3新

總體積:25l。

PCR程序:

94°C5min

94°C30s50-60°C45s72°C1min72°C7min16°C10min

將PCR程序擴(kuò)增后的PCR產(chǎn)物與溴酚藍(lán)或6*loadingbuffer或10*loadingbuffer上樣緩沖液混勻,點(diǎn)入電泳槽的瓊脂糖凝膠孔槽中。

注:退火溫度為50-60°C表示由于引物組合不同,PCR反應(yīng)最適合的退貨溫度不同。實(shí)驗(yàn)中所用的引物對(duì)應(yīng)PCR的最適合溫度采用的是梯度PCR篩選的,即退貨溫度50-60°C進(jìn)行篩選的。

35個(gè)循環(huán)

3.3目的片段與載體連接

連接體系(連接試劑盒由天根生化科技公司提供)

目的PCR片段7lPGM-T載體1l連接酶緩沖液1lT4DNA連接酶1l反應(yīng)體系總體積:10l

上述溶液按順序分別加入200l的PCR管中后,混合液輕輕震蕩后順勢(shì)離心,置于16℃鏈接反應(yīng)10-12h。連接后的產(chǎn)物直接用來(lái)轉(zhuǎn)化或者置于4℃冰箱保存?zhèn)溆茫ㄟB接產(chǎn)物不穩(wěn)定,連接過(guò)后產(chǎn)物所處的溫度越高連接的效果降低越快,若保存2-3天需置于-20℃冰箱)。

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3.4轉(zhuǎn)化

1)將恒溫水浴鍋溫度調(diào)至42℃。

2)取5l重組DNA混合液加入100l感受態(tài)細(xì)胞中,輕輕震蕩后置于冰上30min。3)輕輕搖勻后放置冰上,42℃水浴鍋中熱擊90S,然后迅速放回冰中,靜置3-5min。4)在超凈工作臺(tái)上向管中加入500l預(yù)熱至37℃的LB液體培養(yǎng)基(不含抗生素),輕輕混勻然后固定到搖床的彈簧架上,37℃低速震蕩1h。

5)將含50mlLB固體培養(yǎng)基放入微波爐熔化后放置于超凈工作臺(tái),待LB固體培養(yǎng)基冷卻至60℃左右(不燙手時(shí))時(shí)加入25l100mg/ml的Amp,混勻后分裝于2個(gè)平板培養(yǎng)皿中。待LB固體培養(yǎng)基室溫冷卻凝固后再用。

6)取出步驟4)中菌液,5000-7000轉(zhuǎn)離心5min,用移液器吸掉200l上清液,把離心管中剩余的上清液和離心管底部菌液混勻。

7)在超凈工作臺(tái)上取上述轉(zhuǎn)化的菌液100-300l,滴到LB平板培養(yǎng)皿(含50g/ml的Amp)中,再在平板上滴加40l20mg/ml的x-gal,10l0.1mol/l的IPTG,用燒過(guò)的玻璃棒冷卻后涂布均勻。

8)在涂好的培養(yǎng)皿上做好標(biāo)記,先正放置在37℃恒溫培養(yǎng)箱中30min,待培養(yǎng)基表面的液體都滲入培養(yǎng)基后,倒置培養(yǎng)皿,37℃恒溫培養(yǎng)箱過(guò)夜(12-16h),出現(xiàn)菌落。

3.5陽(yáng)性克隆:藍(lán)白斑篩選

經(jīng)過(guò)過(guò)夜培養(yǎng),培養(yǎng)板上生長(zhǎng)出藍(lán)白斑,藍(lán)斑為T載體自身連接形成的空質(zhì)粒,白斑為目的基因與T載體連接形成的環(huán)形質(zhì)粒。篩選出白斑,用消過(guò)毒的牙簽或接種針挑取單個(gè)菌落,于平板LB固體培養(yǎng)基上劃線,過(guò)夜培養(yǎng)(12-16h)。

3.6菌落PCR

ddH201*.6l

10×TaqPCR緩沖液2.5ldNTPs0.4l引物F1.0l引物R1.0l

模板DNA2l

Taq酶(Tiangen)0.5l程序同之前的PCR一樣。

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3.7搖菌測(cè)序

1)取1.5ml離心管,加入1mlLB液體培養(yǎng)基,再加入1l100mg/ml的Amp并編號(hào)。2)選取之前菌落PCR出現(xiàn)目的片段的單菌落,用滅過(guò)菌的牙簽或槍頭挑菌到LB液體培養(yǎng)基的離心管中,混勻。封蓋,并用封口膜封住離心管蓋邊緣防止雜菌污染。3)置于37℃水浴或空氣浴搖床,180r/min過(guò)夜培養(yǎng)12-16小時(shí)。4)送至測(cè)序公司測(cè)序。

4.實(shí)驗(yàn)結(jié)果與分析

4.1PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)

201*bp1000bp750bp500bp250bp100bpB15B19B25圖4.1

B2marker

根據(jù)primer引物設(shè)計(jì)軟件設(shè)計(jì)的引物,對(duì)小麥近緣屬種進(jìn)行IRI克隆的片段的大小應(yīng)該在700-1000bp左右。圖中的B2為單一的亮帶,而B25、B19、B15出現(xiàn)了多條帶,主要由于IRI基因是一個(gè)多基因家族,所以在用PCR過(guò)程中,同一對(duì)引物的PCR可能同時(shí)兩條或多個(gè)片段在700-1000bp的條帶,由于對(duì)這些條帶的序列未知,所以這些片段都進(jìn)行回收做后續(xù)連接、轉(zhuǎn)化、測(cè)序,以確定是否為IRI基因。圖中還出出現(xiàn)了在700-1000bp外出現(xiàn)了其它片段和同一品種間條帶亮度不一(如B25三個(gè)孔槽中只有退火溫度不同,導(dǎo)致了條帶亮度不同),這樣的原因是由于實(shí)驗(yàn)所用的引物為通用引物,而

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

且PCR程序在篩選最適的退火溫度中用了梯度溫度。圖中700-1000bp有條帶而且清晰,確保了可以做切膠回收,做后續(xù)步驟。

4.2測(cè)序結(jié)果及分析

表4.1

通過(guò)用9對(duì)引物(IRI-F和IRI-R1、IRI-F和IRI-R2、IRI-F和IRI22-R、IRI-F和IRIR1新、IRI-F和IRIR2新、IRI-F和IRIR3新;IRI-F新和IRIR1新、IRI-F新和IRIR2、IRI-F新和IRIR3新),對(duì)小麥野生近緣屬種編號(hào)為B1-B25、W1-W15、W1-W15(15個(gè)品種)、Pi和W6系列進(jìn)行IRI基因克隆。

在供試材料90個(gè)品種中,許多小麥野生近緣屬種的植物種子萌發(fā)過(guò)程實(shí)驗(yàn)中從未發(fā)芽,沒(méi)有綠葉。其次在種子萌發(fā)成幼苗的品種提取DNA后進(jìn)行IRI基因的PCR擴(kuò)增,許多也出現(xiàn)沒(méi)有擴(kuò)增條帶,或者是擴(kuò)增出的條帶不在預(yù)計(jì)700-1000bp范圍內(nèi)。最終能通過(guò)PCR得到700-1000bp片段的品種列舉在表4.1中。

表4.1列舉了所用引物組合的PCR反應(yīng)能擴(kuò)增出700-1000bp左右的片段。在擴(kuò)增的片段中,有的能擴(kuò)增出一條在700-1000bp條帶,而有的能在700-1000bp間擴(kuò)增出多條片段,如W22-W25能擴(kuò)增4條片段。通過(guò)測(cè)序發(fā)現(xiàn),即使PCR過(guò)程中我們能用引物擴(kuò)增出預(yù)計(jì)IRI基因額大小片段,但是許多的測(cè)序結(jié)果不是,只有少數(shù)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物在后續(xù)產(chǎn)物中測(cè)序后進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn)與IRI基因相似性高(B2、B13、B15、B19、B25、W5、

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201*-1、W6-19191)。

分析上述結(jié)果,有以下幾點(diǎn)原因:(1)重結(jié)晶抑制蛋白IRI基因是一個(gè)多基因家族,即使是同一個(gè)品種也會(huì)有多個(gè)IRI基因;(2)由于設(shè)計(jì)的引物是兼并引物,在PCR過(guò)程中與目的DNA的結(jié)合性不緊密而結(jié)合到別的片段上,擴(kuò)增出片段,而這些擴(kuò)增的片段可能在我們正需要的700-1000bp之間,也可能不在;(3)多對(duì)引物組合,不同的引物組合得到進(jìn)行PCR擴(kuò)增,得到不同的結(jié)果。

4.3測(cè)序結(jié)果的DNA多序列比多和氨基酸序列比對(duì)分析

經(jīng)過(guò)NCBIBlast:網(wǎng)站對(duì)測(cè)序結(jié)果的基因比對(duì),去除掉與IRI相似性極低的序列,最終篩選出編號(hào)為B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W21共8個(gè)序列可以使用。這些獲得的IRI基因編號(hào)對(duì)應(yīng)的植物品種分別為:B2-沙生冰草、B15-簇生麥草、B24-布頓大麥草、B25-支藥大麥草、W15-單芒山羊草、W17-高大山羊草、W21-擬斯卑爾脫山羊草。

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

B2a.seqB2b.seqB15c.seqB24.seqB25.seqW15.seqW17.seqW21.seqATGGCGCCGAAATGCTGGCTGCTGCTCCACTTCTTGGCGTTCCTCTTGCCGGCGGCGAGCGCTACGTCGTGCCATGCTGACGACCTCCACGCGCTGCAGGGCTTCGCCGGGAATCTCAGT...........ATGCGGGCTGCTACTCCTGTTCT.GGCGTTCCTCTTGCCTGTGGCAAGCGCGACGTCATGTCACGCTGATGACCTCCATGAGCTGCGGGGCTTCGCTGGGAAGCTCACA...ATGGCGAAATGCGGGCTGCTGCTCCACTTCTTGGCGTTCCTCTTGCCGGCGGCGAGCGCTACGTCGTGCCATGCTGACGACCTCCTCGCGCTGCAGGGCTTCGCCGGGAATCTTAGTATGGCGCCAAAATGCTGGCTGATGCTCCTCTTCTTGGTGTTTCTCCTGCCGGCGACGAGCGCGAGGTCGTGCCACGCCGACGACCTCCGTGCACTGCGGGACTTCGCCCGGAACCTCACT...ATGGCGAAATGCTGGCTGCTGCTCCTGTTCTTGGCGTTCCTCTTGCCAGCGGCACGTGCAACGTCATGCCACCCCGATGACCTCCGCGCGCTACGGGGCTCTGCCGGGAACCTTAGT...ATGGCGAAATGCTGGCTGGTGCTCCTCTGCTTGGTGTTCCTCCTGCTGGCGACGAGCGCGACGTCGTGCCACGCCGACGACCTCTGCACTCTGCGGGACTTTGCCCGGAACCTCACC...ATGGCGAAATGCGGGCTGGTGCTCCTCTGCTTGGTGTTCCTCCTGCTGGCGACGAGCGCGACGTCGTGCCACGCCGACGACCTCTGCACTCTGCGGGACTTTGCCCGGAACCTCACC...............GGGCTGATGCTCCTCTTCTTGGTGTTTCTCCTGCCGGCGACGAGCGCGACGTCGTGCCACGCCGACGACCTCCACGCACTGCGGGAATTCGCCCGGAACCTCACC11111111B2a.seqB2b.seqB15c.seqB24.seqB25.seqGGTGGCGGCGTGCTCCTACGCGCTGTGTGGTCCGGCGCCTCGTGCTGCGGCTGGGAAGGTGTGAGCTGCGACAGCACAAGTGGACGCGTCACGGCGCTTTGGCTCACCGGGCGCAGCCTTGGCGGTGGCGTGCTTCTCCGCGCCGCGTGGTCTGGCACTTCATGCTGCGGCTGGGAAGGTGTGGGTTGTGACGGCGCAAGTGGACGGGTCACCGTGTTGCGGCTCCCAGGGTGCGGCCTTGGTGGCGGCGTGCTCCTACGCGATGTGTGGTCCGGCGCCTCGTGCTGCGGCTGGGAAGGTGTGAGCTGCGACGGCACAAGTGGACGCGTCACGGTGCTTTGGCTCCCCGGGCGCAGCCTTGGCGGTGGCGTCATCCTCCGTGCAGCGTGGTCCGGGACATCGTGTTGCAGATGGGAAGGTGTGGGCTGCAACGGCGCAAGTGGACGCGTCACAACGCTGCGGCTTCCCGGCCGCGGCCTTGGTAGGGCTGTCCTCCTCCGTGCTGCGTGGTCCGATGCCTCGTGCTGAGGCTGGGAAGGTGTGGGCTGCCATCGTGCTAGTGGCCGCGTCACGTCCCTGCGGCTCCCTGGACACGGCCTT22222W15.seqGGCGGTGGCGTCATCCTCCGTGCAGCGTGGTCCGGAACCACGTGTTGTGGCTGGGAAGGTGTGAACTGCGACGGCGTAAGTGGACGCGTCACGGCGCTGCGGCTCCCCGGGCGCGGCCTTW17.seqGGCGGTGGCGTCATCCTCCGTGCAGCGTGGTCCGGAACCACGTGTTGTGGCTGGGAAGGTGTGAACTGCGACGGCGTAAGTGGACGCGTCACGGCGCTGCGGCTCCCCGGGCGCGGCCTTW21.seqGGCGGTGGCGTCATCCTCCGCGCAGCGTGGTCCGGCACCTGGTGTTGCAGATGGGAAGGTGTGGGCTGCGACGGCGGAAGTGGACGCGTCACAACGCTGCGGCTTCCCGGACGCGGCCTTB2a.seqGCGGGGCCCATCCCAGGAGCTTCCTTGGTGGGCCTCACGCAACTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAAACTAATCGGCAACATCCCATCGTGGATTGGTGAGCTTGATCACCTTTGCB2b.seqACTGGACCCATCCCAGGAGCATCCTTTGCGGGCCTGGTGCAGCTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAGCAACAGATTGGTCAGCACCATCCCTTTGTGGATCGGTGAGCTTCAACACCTTTGCB15c.seqGCGGGGCCCATCCCAGGAGCCTCCTTGGTGGGCCTCACGCAACTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAAACTAATCGGCAACATCCCATCGTGGATTGGTGAGCTTGATCACCTTTGCB24.seqGCAGGACCCATCGCAGGAGCATCCTTGGCGGGCTTAGCGTGGCTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAGGCTGATCGGCACAATCCCATCGTGGATTGGTGAGCTTGAACACCTTCGTB25.seqGCGGGGGCCATCCCAAGAGCATCCTTGGCAGGCCTCGCACGGTTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAGACTGGTTGGCACCATCCCATCGTGGATTGGCCAGCTTGATCACCTTTGCW15.seqGCAGGACCCATTGCAGGAGCATCCTTGGCAGGCCTGGCATGGCTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAGACTGATCGGCACCATTCCATCGTGGATTGGTGAGCTTGACCACCTTCGTW17.seqGCAGGACCCATTGCAGGAGCATCCTTGGCAGGCCTGGCATGGCTGGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAGACTGATCGGCACCATTCCATCGTGGATTGGTGAGCTTGACCACCTTCGTW21.seqGCAGGACCCATCGCTGGAGCATCCTTGGCGGGCTTGGCGCGGCTAGAGGAGCTCAACCTTGCCAACAACAGACTGATCGGCACATTCCCATCGTGGATTGGTGAGCTTGAACACCTTCGTB2a.seqTACTTGGATCTCTCCGATAATTCATTGGAAGGCGAGGTACCCAAGAGTTTGTTACGGCTTAAGGGTCTCGTTGCTGCTGGACGTTCAGTGGGTATGACATTCACTAACATGCCATTGTATB2b.seqTACTTGGATCTCTCTGATAATCCATTGATTGGCGAGGTACCCAAGAGTTTGATACGGTTCAAGGGCATCAGCATCGCTGGTCGTTCACTGGGTAAGGCGTTCACTAATATGCCATCGTATB15c.seqTACTTGGATCTCTCCGATAATTCATTGGAAGGCGAGGTACCCAAGAGTTTGTTACGGCTTAAGGGTCTCATTGCTGCTGGTCGTTCAGTGGGTATGACATTCACTAACATGCCATTGTATB24.seqTACTTGGATCTCTCAGATAATTCATTAATTGGCGAGGTACCCAAAAGTTTGATACGGTTCAAGGACATCACCAGCGCTGGTCGCTCATTGGGTAAGGCTTTCACTAACATGCCATTGTATB25.seqTACTTGGATCTCTCGGATAATTCATTGATTGGCGAGGTACCCAAGAGTTTGTTACAGCTCAAGGGCCTAGTCATCGCTGGTCCTTCATCGGGTATGACTTTTACTAGCATGCCTTTGTATW15.seqTACTTGGATCTCTCGGATAATTCATTGATTGGCGAGGTACCCAAGAGTTTGATACGGTTCAAGGGCATCGCCATCGCTGGTCGTTCACTGGGTAAGGCTTTCACTAACATGCCATTGTATW17.seqTACTTGGATCTCTCGGATAATTCATTGATTGGCGAGGTACCCAAGAGTTTGATACGGTTCAAGGGCATCGCCATCGCTGGTCGTTCACTGGGTAAGGCTTTCACTAACATGCCATTGTATW21.seqTACTTGGATCTCTCAGATAATTCATTAATTGGCGAGGTACCCAAAAGTTTGATACGGTTCAAGGACATCACCATCGCTGGTCGCTCACTGGGTAAGGCTTTCACTAACATGCCATTATATB2a.seqGAGAAGCATAACCGAAGAACACTCCAAC...AACAACAACCAAATATCATATCCGGGACAAACAACAAAGTCAGATCTGGTAGAACCAATGTTGTATCTGGAAATGACAACACGGTCAAAB2b.seqGTGAAGCGTAACAGAAGAACACTCCAGG...AACAACAACCAAACACAATATCTGGGACCAACAATACTGTCAGATCTGGGAGAAACAATGTTGTTGCCGGGAACGACAACACTGTCATAB15c.seqGTGAAGCGTAACCGAAGAACACTCCAAC...AACAACAACCAAGTATCATATCCGGGACAAACAACAAAGTCAGATCTGGTAGAACCAATGTTGTATCTGGAAATGACAACACGGTCATAB24.seqGTGAAGCGTAACAGAAGAACACTCCAACAACAACCTCAACCAAATACGATATCTGGGACCAACAATAGCGTCAGATCTGGGAGAACCAATGTTGTTTCTGGGAATGACAACACTGTCATAB25.seqGGGAAGCGTAACAAAAGAACGCTTGACG......AACAACCAAATACAATATCTGGGAGTAACAACACCGTCAAATCTGGGAGCACCAATGTTGTTTCTGGGAATGACAATACTGTCATAW15.seqGTGAAGCGTAATAGAAGAACACTCCAACAACAACCTCCACCAAATACGATATCAGGGACCAACAATACCGTCAGATCTGGGAGCACCAATGTTGTTTCTAGGAATGACAACACTGTCATAW17.seqGTGAAGCGTAATAGAAGAACACTCCAACAACAACCTCAACCAAATACGATATCAGGGACCAACAATACCGTCAGATCTGGGAGCACCAATGTTGTTTCTGGGAATGACAACACTGTCATAW21.seqGTGAAGAGTAACAGAAGAACACTCCAACAACAACCTCAACCAAATACAATATCTGGGACCAACAATACCGTCAGATCTGGGAGCACCAATGTTGTTTCTGGGAATGACAACACTGTCATAB2a.seqTCTGGAAACAACAACACTGTGGCTGGGAGCAACAATACCATCACAACTGGGAGCGACAATACCGTAGTAGGTAGCAACCATGTCGTATCTGGGACCAAACATATCGTAACTGACAACAACB2b.seqTCCGGCGACAACAACAATGTGTCTGGGAGCAACAACACTATCGTAACGGGGAGCGACAATACCGTAGTTGGTAGCAACCATGTTGTATCTGGGAACAAACATGTCGTAACTGACAACAACB15c.seqTCTGGAAACAACAACACTGTGGCTGGGAGCAACAATACCATCACAACTGGGAGCGACAATACCGTAGTAGGTAGCAACCATGTCGTATCTAGGACCAAACATATCGTAACTGACAACAACB24.seqTCCGGGGACAACAACAATGTGTCCGGGAGTAACAACACTATCGTTACCGGTAGCGACAATACCGTAGTTGGAAGCAACCATGTCGTATCTGGGAACAAACATGTTGTAACTGACAACAACB25.seqTCCGGGAACTACAACAATGTGGCTGGGAGCAACAACACTATCGTAACCGGGAGCGATAATACTGTAACTGGTAGCAACCATGTCGTATCTGGGGACAAACATATCGTAACTGACAACAACW15.seqTCTGGTAACAACAACAGTGTGTCAGGGAGTAACAACACTATCATAACCGTTAGTGACAATACCGTAGTTGGAAGCA.CCATGTCGTATCTGGGAACAAGCATGTCATAACTGACAACAACW17.seqTCTGGGAACAACAACAGTGTGTCAGGGAGTAACAACACTATCATAACCGGGAGTGACAATACCGTAGTTGGAAGCAACCATGTCGTATCTGGGAACAAGCATGTCATAACTGACAACAACW21.seqTCCGGGAACAACAACAATGTGTCCGGGAGTAACAACACTATCGTAACCGGTAGTGACAATACCGTAGTTGGAAGCAACCATGTCGTATCTGGGAACAAACATGTCGTAACTGACAACAACB2a.seqAATGTTGTTTCCGGGATTGACAATAATGTATCCGGCAGCTTCCACACCGTATCCGGGAGTCACAATACCATATCCGGGAGCAACAATACCGTATCAGGGAGCAACCATATTGTGTCTGGGB2b.seqAATGTCGTATCCGGAGACGACAATACTGTATCCGGGAGCTTCCATACCGTATCTGGGAGCCACAACACCGTATCTGGGAGCAACAATACCGTATCTGGGACCAACCATGTCGTCTCTGGGB15c.seqAATGTTGTTTTCGGGATTGACAATAATGTATCCGGCAGCTTCCACACCGTATCCGGGAGTCACAATACCATATCCGGGAGCAACAATACCGTATCAGGGAGCAACCATATTGTGTCTGGGB24.seqAATGCCGTATCCGGAAATGACAATAATGTATCCGGGAGTTTCCATACCGTATCCGGGAGCCGCAT.ACTGTATCTGGGAGCAACAATACCGTATCTGGAAGCAACCACGTCGTGTCTGG.B25.seqAATGTCGTATCCGGAAATGACAATAATGTATCCGGAAGCTTCCATACCGTATCCGAGAGCAAGAATATTGTATCTGGGAGCAACAACACTGTATCTGGGAGCAACCATGTTGTATCCGGGW15.seqAATGCCGTATCCGGAAACGACAATAATGTATCTGG.AGCTTCCATACGGTATCCGGGAGCCTCAATACA.TATCTGGGAGCAACAT.ACCGTATCTGGCAGCAT.CATGTCGTGTCTGGGW17.seqAATGCCGTATCCGGAAACGACAATAATGTATCCGGGAGCTTCCATACGGTATCCGGGAGCCGCAATACAGTATCTGGGAGCAACAATACCGTATCTGGAAGCAACCATGTCGTGTCTGGGW21.seqAATGCCGTATCCGGAAACGACAATAATGTATCCGGGAGCTTCCATACCGTATCCGGGAGCCGCAATACTGTATCTGGGAGCAACAATACCGTATCTGGAAGCAACCACGTCGTGTCTGGGB2a.seqAGCAACAAAGTCGTGACGGGAGGTTAA...B2b.seqAGCAACAAAGTCG...TAGGAGATGAATGAB15c.seqAAGCAACAAGTCGTGACGGGAAGTTAA...B24.seqAGCAACAAAGTCGTAACAG.AGATGAATGAB25.seqAGCAACAAAGTCG...TAGGACATGCATGAW15.seqAGCAACAAAGTCG.AACAG.AAATGAATGAW17.seqAGCAACAAAGTCGTAACAGGAGATGAATGAW21.seqAGCAACAAAGTCGTAACAGGAGATGAATGA圖4.2DNA序列比對(duì)圖(B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W21)

在獲得并分析的IRI基因中,DNA序列最短的為849bp,最長(zhǎng)為864bp,片段在

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222333333334444444455565555777777778888888888888888

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700-1000bp區(qū)間內(nèi),其中B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W25編碼的氨基酸總數(shù)分別為287、283、286、288、284、285、288、284。圖4.2中為所獲得并能分析的IRI基因,圖中藍(lán)黑色背景的堿基為8基因完全共有的區(qū)段片段,我們可以清晰到看到這些IRI的DNA片段共有區(qū)段多,相似性高;白色背景中的黑點(diǎn)表示在DNA序列比對(duì)中,此處不具有共有的堿基,其它背景顏色表示部分DNA共有堿基。

B2ATRANSLATION.SEQB2BTRANSLATION.SEQB15CTRANSLATION.SEQB24TRANSLATION.SEQB25TRANSLATION.SEQW15TRANSLATION.SEQW17TRANSLATION.SEQW21TRANSLATION.SEQMAPKCWLLLHFLAFLLPAASATSCHADDLHALQGFAGNLSGGGVLLRAVWSGASCCGWEG....MRAATPVLAFLLPVASATSCHADDLHELRGFAGKLTGGGVLLRAAWSGTSCCGWEG.MAKCGLLLHFLAFLLPAASATSCHADDLLALQGFAGNLSGGGVLLRDVWSGASCCGWEGMAPKCWLMLLFLVFLLPATSARSCHADDLRALRDFARNLTGGGVILRAAWSGTSCCRWEG.MAKCWLLLLFLAFLLPAARATSCHPDDLRALRGSAGNLSGRAVLLRAAWS.DASCGWEG.MAKCWLVLLCLVFLLLATSATSCHADDLCTLRDFARNLTGGGVILRAAWSGTTCCGWEG.MAKCGLVLLCLVFLLLATSATSCHADDLCTLRDFARNLTGGGVILRAAWSGTTCCGWEG.....GLMLLFLVFLLPATSATSCHADDLHALREFARNLTGGGVILRAAWSGTWCCRWEG6056596058595955B2ATRANSLATION.SEQB2BTRANSLATION.SEQB15CTRANSLATION.SEQB24TRANSLATION.SEQB25TRANSLATION.SEQW15TRANSLATION.SEQW17TRANSLATION.SEQW21TRANSLATION.SEQVSCDSTSGRVTALWLTGRSLAGPIPGASLVGLTQLEELNLANNKLIGNIPSWIGELDHLCVGCDGASGRVTVLRLPGCGLTGPIPGASFAGLVQLEELNLASNRLVSTIPLWIGELQHLCVSCDGTSGRVTVLWLPGRSLAGPIPGASLVGLTQLEELNLANNKLIGNIPSWIGELDHLCVGCNGASGRVTTLRLPGRGLAGPIAGASLAGLAWLEELNLANNRLIGTIPSWIGELEHLRVGCHRASGRVTSLRLPGHGLAGAIPRASLAGLARLEELNLANNRLVGTIPSWIGQLDHLCVNCDGVSGRVTALRLPGRGLAGPIAGASLAGLAWLEELNLANNRLIGTIPSWIGELDHLRVNCDGVSGRVTALRLPGRGLAGPIAGASLAGLAWLEELNLANNRLIGTIPSWIGELDHLRVGCDGGSGRVTTLRLPGRGLAGPIAGASLAGLARLEELNLANNRLIGTFPSWIGELEHLR1201*61191201*8119119115B2ATRANSLATION.SEQB2BTRANSLATION.SEQB15CTRANSLATION.SEQB24TRANSLATION.SEQB25TRANSLATION.SEQW15TRANSLATION.SEQW17TRANSLATION.SEQW21TRANSLATION.SEQYLDLSDNSLEGEVPKSLLRLKGLVAAGRSVGMTFTNMPLYEKHNRRTLQQQQ.PNIISGTYLDLSDNPLIGEVPKSLIRFKGISIAGRSLGKAFTNMPSYVKRNRRTLQEQQ.PNTISGTYLDLSDNSLEGEVPKSLLRLKGLIAAGRSVGMTFTNMPLYVKRNRRTLQQQQ.PSIISGTYLDLSDNSLIGEVPKSLIRFKDITSAGRSLGKAFTNMPLYVKRNRRTLQQQPQPNTISGTYLDLSDNSLIGEVPKSLLQLKGLVIAGPSSGMTFTSMPLYGKRNKRTLDEQ..PNTISGSYLDLSDNSLIGEVPKSLIRFKGIAIAGRSLGKAFTNMPLYVKRNRRTLQQQPPPNTISGTYLDLSDNSLIGEVPKSLIRFKGIAIAGRSLGKAFTNMPLYVKRNRRTLQQQPQPNTISGTYLDLSDNSLIGEVPKSLIRFKDITIAGRSLGKAFTNMPLYVKSNRRTLQQQPQPNTISGT179175178180176179179175B2ATRANSLATION.SEQB2BTRANSLATION.SEQB15CTRANSLATION.SEQB24TRANSLATION.SEQB25TRANSLATION.SEQW15TRANSLATION.SEQW17TRANSLATION.SEQW21TRANSLATION.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.SEQB2BTRANSLATION.SEQB15CTRANSLATION.SEQB24TRANSLATION.SEQB25TRANSLATION.SEQW15TRANSLATION.SEQW17TRANSLATION.SEQW21TRANSLATION.SEQNVVSGIDNNVSGSFHTVSGSHNTISGSNNTVSGSNHIVSGSNKVVTGG.NVVSGDDNTVSGSFHTVSGSHNTVSGSNNTVSGTNHVVSGSNKVVGDE.NVVFGIDNNVSGSFHTVSGSHNTISGSNNTVSGSNHIVSGKQQVVTGS.NAVSGNDNNVSGSFHTVSGSRILYLGATIPYLEATTSCLEQQSRNRDE.NVVSGNDNNVSGSFHTVSESKNIVSGSNNTVSGSNHVVSGSNKVVGHA.PYPETTIMYLELPYGIREPQYIS..GSNIPYLAASCRVWEQQSRTEMN.NAVSGNDNNVSGSFHTVSGSRNTVSGSNNTVSGSNHVVSGSNKVVTGDENAVSGNDNNVSGSFHTVSGSRNTVSGSNNTVSGSNHVVSGSNKVVTGDE287283286288284285288284

圖4.3氨基酸序列比對(duì)圖(B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W21),圖中下劃線表示信號(hào)肽,向上的箭頭表示半胱氨酸殘基,水平向右的箭頭表示LRR(亮氨酸酸富集區(qū)),水平雙

向箭頭代表NxVxxG/NxVxxG區(qū)。

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

由于DNA的序列比對(duì)只能說(shuō)明基因在堿基上相似性等相關(guān)問(wèn)題,而基因的功能是通過(guò)蛋白表達(dá)表現(xiàn)出來(lái)的,而且在DNA序列中,經(jīng)常會(huì)出現(xiàn)堿基的插入或者缺失導(dǎo)致移碼突變,或者由于堿基突變但不一定引起氨基酸的改變等現(xiàn)象,所以我們我們將DNA翻譯成氨基酸,從氨基酸層面上對(duì)所獲得8個(gè)基因進(jìn)行分析,同時(shí)結(jié)合DNA序列和氨基酸序列進(jìn)行分析。

圖4.3氨基酸比對(duì)圖中,橫線下劃線處為8個(gè)IRI基因氨基酸的信號(hào)肽區(qū)域,從圖中可以看出8個(gè)IRI基因氨基酸的的信號(hào)肽并非完全相同,只是部分的氨基酸相同。真核細(xì)胞N末端的信號(hào)肽位,一般由15~30個(gè)氨基酸組成。包括三個(gè)區(qū):一個(gè)帶正電信號(hào)肽的N末端,稱為堿性氨基末端:一個(gè)中間疏水序列.以中性氨基酸為主,能夠形成一段d螺旋結(jié)構(gòu),它是信號(hào)肽的主要功能區(qū);一個(gè)較長(zhǎng)的帶負(fù)電荷的C末端,含小分子氨基酸,是信號(hào)序列切割位點(diǎn),也稱加工區(qū)。當(dāng)信號(hào)肽序列合成后,被信號(hào)識(shí)別顆粒(SRP)所識(shí)別,蛋白質(zhì)合成暫;驕p緩,信號(hào)識(shí)別顆粒將核糖體攜帶至內(nèi)質(zhì)網(wǎng)上,蛋白質(zhì)合成重新開(kāi)始。在信號(hào)肽的引導(dǎo)下,新合成的蛋白質(zhì)進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔.而信號(hào)肽序列則在信號(hào)肽酶的作用下被切除,這些信號(hào)肽的不同將引起其表達(dá)過(guò)程中的差異。

半胱氨酸殘基在蛋白質(zhì)折疊過(guò)程中起著重要作用。偶數(shù)的半胱氨酸殘基可以兩兩形成二硫鍵,二硫鍵能使蛋白折疊更加緊密,而奇數(shù)的半胱氨酸殘基則會(huì)多出一個(gè)半胱氨酸殘基,對(duì)蛋白折疊牢固產(chǎn)生影響[37]。除了編號(hào)為B25基因的氨基酸有三個(gè)半胱氨酸殘基外,其余的7個(gè)IRI基因均有四個(gè)半胱氨酸殘基(圖4.3),該半胱氨酸的改變可能B25植物的抗寒能力,但是需要要后續(xù)的實(shí)驗(yàn)研究進(jìn)行驗(yàn)證。

和其它已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的重結(jié)晶抑制蛋白一樣,我們?cè)谖覀兯@得的8個(gè)基因中也含有亮氨酸富集區(qū)(LLR)。圖4.3中水平右向箭頭起向右區(qū)域可以清晰看到多個(gè)L的重復(fù)。

圖4.1中可以看到在DNA序列比對(duì)上W15和B24的C末端和其它6個(gè)基因的相似性和重復(fù)性非常高,而在圖4.2中在紅色矩形框內(nèi),發(fā)現(xiàn)W15和B24編碼的氨基酸序列和其它6個(gè)基因基本上沒(méi)有相似性,這樣的原因可能是由于堿基插入或缺失造成,導(dǎo)致移碼突變,后續(xù)氨基酸的編碼全部錯(cuò)位,這種結(jié)構(gòu)變化可能導(dǎo)致整個(gè)IRI蛋白的失活,或者功能降低。

4.4IRI的進(jìn)化分析

本研究將所獲得的IRI基因和從NCBI搜索的多個(gè)小麥野生近緣植物IRI基因匯總在一起,進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析。圖4.4和圖4.5是基因進(jìn)化分析的兩種不同表現(xiàn)形式,圖4.4無(wú)根樹形式可以直觀的看到基因的分類和親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近,而圖4.5有根樹親緣關(guān)系的遠(yuǎn)近更形象的展示出來(lái)。其中如圖4.4中可以大致分為六個(gè)部分:EU887261.1,AK360260.1,B25,AY968588.1;AK360446.1;FJ663038.1和EU680848.1;B2a和B15c;B2b;

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AK360446.1;W17。

由分子進(jìn)化樹可以看出,AK360260.1(大麥草)、EU887261.1(大麥草)和B25(支藥大麥草)親緣關(guān)系最近;B2A(沙生冰草)和B15(簇生麥草)親緣關(guān)系最近;B2B(沙生冰草)與其它物種的情緣關(guān)系較遠(yuǎn);B24(布頓大麥草)和W21(擬斯卑爾脫山羊草),W15(單芒山羊草)與W17(高大山羊草)在IRI基因分類上較近。

對(duì)于從同一材料中克隆出的IRI基因(B2a和B2b來(lái)自同一植物)親緣關(guān)系應(yīng)該是最近的,但B2a和B15c親緣關(guān)系比B2a和B2b更近,說(shuō)明IRI基因家族存在較為豐富的變異,推測(cè)可能是在植物長(zhǎng)期進(jìn)化過(guò)程中不斷適應(yīng)低溫變化而調(diào)整自身基因結(jié)構(gòu)從而適應(yīng)低溫環(huán)境的原因。

AK360260.1Translation.seqEU887261.1Translation.seqB25Translation.seqAY968588.1Translation.seqAK360446.1Translation.seqEU680848.1Translation.seqFJ663038.1Translation.seqB2aTranslation.seqB15cTranslation.seqB2bTranslation.seqB24Translation.seqW21Translation.seqW15Translation.seqW17Translation.seq0.05

圖4.4IRI基因進(jìn)化分析-有根樹

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

AK360446.1Translation.seqFJ663038.1Translation.seqEU680848.1Translation.seqAY968588.1Translation.seqB2aTranslation.seqB15cTranslation.seqB25Translation.seqEU887261.1Translation.seqAK360260.1Translation.seqB2bTranslation.seqW17Translation.seqW21Translation.seqB24Translation.seqW15Translation.seq0.05圖4.5IRI基因進(jìn)化分析-無(wú)根樹

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5.討論

本文利用同源克隆的思維方法,根據(jù)NCBI核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中已有的IRI序列的信息,設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物對(duì)小麥野生近緣屬種IRI基因進(jìn)行分離,以分析不同小麥族材料間IRI基因的結(jié)構(gòu)變化和系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。從最初的9對(duì)引物對(duì)90個(gè)小麥野生近緣材料的IRI基因進(jìn)行擴(kuò)增,最終我們得到了編號(hào)為B2A、B2B、B15C、B24、B25、W15、W17、W25的8個(gè)IRI基因,而8個(gè)基因分屬7個(gè)材料(其中B2A和B2B來(lái)源于同意材料)。

在進(jìn)行PCR的過(guò)程中,對(duì)90個(gè)植物品種中我們用了多對(duì)引物組合進(jìn)行擴(kuò)增,同時(shí)還分別運(yùn)用了梯度PCR進(jìn)行篩選最適的引物退火溫度、小套大的嵌套PCR和降落PCR(TouchdownPCR)去除非特異擴(kuò)增。TouchdownPCR是指每隔一個(gè)循環(huán)降低1°C反應(yīng)退火溫度,直至達(dá)到—Touchdown‖退火溫度,然后以此退火溫度進(jìn)行10個(gè)左右的循環(huán)。該方法最初出現(xiàn)是為了避開(kāi)確定最佳退火溫度而進(jìn)行的復(fù)雜的反應(yīng)優(yōu)化過(guò)程。正確和非正確退火溫度之間的任何差異將造成每個(gè)循環(huán)PCR產(chǎn)物量的兩倍差異(每攝氏度造成4倍差異)。因此相對(duì)于非正確產(chǎn)物,正確的產(chǎn)物可以得到富集該方法。即便使用了多種PCR方法,在PCR產(chǎn)物凝膠電泳中我們依然發(fā)現(xiàn)了有多個(gè)條帶在700-1000bp。

實(shí)驗(yàn)中中得到的B2A和B2B說(shuō)明了我們進(jìn)行克隆的IRI基因并不只以單基因形式存在,而是多基因家族。B2A、B2B編碼的氨基酸總數(shù)分別為287、283,在長(zhǎng)度上相差12bp,在這瓊脂糖凝膠電泳中基本上看不出差異,這表明在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,即使我們獲得了陽(yáng)性克隆鑒定的目的大小片段,但在測(cè)序中,選取多個(gè)陽(yáng)性克隆進(jìn)行測(cè)序鑒定是必要的。

本研究所得所有IRI基因和已知基因具有很多保守區(qū)域,如信號(hào)肽、半胱氨酸、LRR區(qū),而就多數(shù)重結(jié)晶抑制蛋白IRI而言,它有其自身特有的的重復(fù)IRI區(qū)(NxVxxG)和(NxVxG),x表示在N和V之間,或則V和G之間的其它氨基酸(除了N、V、G三個(gè)氨基酸外)。這個(gè)特征區(qū)作為我們識(shí)別IRI的主要依據(jù)[38,39],而圖4.2中顯示了我們所獲得的IRI基因之間的重復(fù)IRI區(qū)(NxVxxG)和(NxVxG),它們都位于整個(gè)基因長(zhǎng)度中間偏后區(qū)域,而且這些區(qū)域的重復(fù)不是直接的串聯(lián)式的重復(fù),而是在這些重復(fù)區(qū)間內(nèi)插入了別的氨基酸。對(duì)于重復(fù)IRI區(qū)(NxVxxG)和(NxVxG),鄧順陽(yáng)等[40]在對(duì)黑麥草抗凍蛋白基因的研究中提到對(duì)IRI基因進(jìn)行序列分析時(shí),預(yù)測(cè)其有兩個(gè)冰晶結(jié)合面a面和b面,每面的模體“xxNxVxG”可能與親水性有關(guān),都以額氨酸(V)為冰晶結(jié)合中心。預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與大部分抗凍蛋白一樣,含有類似的β-螺旋結(jié)構(gòu),這些結(jié)構(gòu)可能與冰晶結(jié)合的表面和抑制重結(jié)晶有關(guān)[41]。

本研究所獲得的IRI基因除了具有IRI特有的特征區(qū)NxVxG/NxVxxG之外,還有其它共有的特征區(qū)域信號(hào)肽、偶數(shù)個(gè)半胱氨酸C(除B25外因?yàn)閴A基突變導(dǎo)致有三個(gè)C外,其余已獲得的基因均有4個(gè)半胱氨酸C)、亮氨酸重復(fù)去LLR,這些共有的特征區(qū)

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小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定以及純化

為一般功能基因所共有,但不同功能的基因其結(jié)構(gòu)區(qū)內(nèi)部序列不同。測(cè)序結(jié)果中發(fā)現(xiàn)的W15和B24編碼的氨基酸序列和其它6個(gè)基因相似性很低,導(dǎo)致后續(xù)基因編碼錯(cuò)亂,可能直接影響這兩個(gè)IRI基因編碼的蛋白結(jié)構(gòu),推測(cè)可能影響重結(jié)晶抑制蛋白的冰結(jié)晶抑制效應(yīng)等相關(guān)效應(yīng)。

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致謝

本研究論文在郭志富老師悉心指導(dǎo)下完成。導(dǎo)師在設(shè)計(jì)的選題試驗(yàn)設(shè)計(jì)及研究?jī)?nèi)容方面都給我以嚴(yán)格的要求和關(guān)鍵性的指導(dǎo),設(shè)計(jì)完成后給以詳細(xì)的審閱和修改。導(dǎo)師嚴(yán)謹(jǐn)?shù)闹螌W(xué)態(tài)度、勤奮忘我的工作精神、扎實(shí)深厚的專業(yè)知識(shí)及熱情真摯的修養(yǎng)品行深深地感染著我,他言傳身教使我在學(xué)術(shù)思想、工作作風(fēng)、為人處世等諸多方面都終生受益。值此論文答辯之際,特向我的恩師致以崇高的敬意和衷心的感謝。此外,還有生物技術(shù)教研室140室給我指導(dǎo)與教誨的鐘鳴、李浩戈、陳麗靜、馬慧、林景衛(wèi)老師,郭老師課題組的白麗萍老師、農(nóng)學(xué)院的衣瑩老師,以及幫我修改英文文章的馮玉龍?jiān)洪L(zhǎng),從法國(guó)歸來(lái)的安迎鋒老師,向老師們表示我最誠(chéng)摯的謝意。

實(shí)驗(yàn)過(guò)程中我還要感謝那些幫助過(guò)我或者我?guī)椭^(guò)的師兄師姐,學(xué)弟學(xué)妹,因?yàn)橛心銈儙椭,我能在一年?nèi)把研究生階段能做的實(shí)驗(yàn)快速學(xué)會(huì),因?yàn)槲夷転閷?shí)驗(yàn)室?guī)熜謳熃慊驅(qū)W弟學(xué)妹們提供實(shí)驗(yàn)幫助,我的實(shí)驗(yàn)技能得以更加?jì)故臁Vx謝去年研三的黃國(guó)濤、齊欣、單存海、楊鋒師兄、馬爽、趙莉師姐;謝謝今年研三的閆文文、殷宇、陳啄、鐘聲、劉彥飛、曹珊、李麗麗、孫春遇、葛菱、劉曉宇、金迪;謝謝10級(jí)研究生姜躍,在我201*年6月時(shí)第一次進(jìn)入實(shí)驗(yàn)室做實(shí)驗(yàn),還有10級(jí)研究生張亞琳、彭丹、李麗麗、祝紅艷、劉新建、王麗、殷曉娟;當(dāng)然不能忘了07級(jí)本科生杜慧、李同同、黨曉璇,還有馬超、馬明南、孟思紋我們這些緊緊圍繞在郭老師周圍的親們;和我一樣08級(jí)的陳萍、嚴(yán)菊、王碩、劉暢、袁,09級(jí)學(xué)妹王靜宜。因?yàn)槟銈,我在?shí)驗(yàn)室得以專業(yè)知識(shí)、實(shí)驗(yàn)技能快速提升,能參加各種生物學(xué)相關(guān)的學(xué)術(shù)講座和生物公司的技能培訓(xùn)講座,能發(fā)表英文文章,能去北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院實(shí)習(xí),能在沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)做了自己大學(xué)階段最有意義的事。因?yàn)槟銈,我的大學(xué)生活、實(shí)驗(yàn)室生活過(guò)得豐富多彩,過(guò)得充實(shí),因?yàn)槟銈,我在生物找回了自己的興趣。感謝所有關(guān)心、幫助過(guò)我的同學(xué)們、朋友們!愿他們學(xué)業(yè)有成,工作順利,家庭幸福!

最后我還要感謝培養(yǎng)我長(zhǎng)大含辛茹苦的父母,養(yǎng)育之恩,無(wú)以回報(bào),你們永遠(yuǎn)健康快樂(lè)是我最大的心愿。

在此論文完成、即將離開(kāi)校園之際,謹(jǐn)向所有關(guān)心、支持、幫助我的各位老師、同學(xué)表示最誠(chéng)摯的感謝!

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沈陽(yáng)農(nóng)業(yè)大學(xué)本科畢業(yè)設(shè)計(jì)承諾書

設(shè)計(jì)題目完成人姓名小麥近緣屬種IRI基因的分離、鑒定及進(jìn)化分析張富專業(yè)生物技術(shù)指導(dǎo)教師姓名郭志富職稱講師本畢業(yè)設(shè)計(jì)的創(chuàng)新點(diǎn):1.本研究以小麥野生近緣屬種為研究材料,對(duì)植物中的IRI抗凍基因進(jìn)行分離。以材料的特殊性狀為切入點(diǎn)進(jìn)行系統(tǒng)的功能研究。2.本研究獲得的8個(gè)IRI基因與已知相關(guān)基因進(jìn)行比對(duì)分析發(fā)現(xiàn)其均為新的變異類型,在抗凍功能上可能有不同表現(xiàn),為更好的理解不同IRI基因分分子間的抗凍分子機(jī)制提供了新的參考。承諾內(nèi)容:本畢業(yè)設(shè)計(jì)是本人在導(dǎo)師郭志富老師指導(dǎo)下獨(dú)立完成的,沒(méi)有抄襲他人成果,對(duì)本文的研究作出重要貢獻(xiàn)的個(gè)人和集體,均已在文中以明確方式標(biāo)明,完成人簽名:指導(dǎo)教師簽名:年月日年月日

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